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影片讲述了在一个时局动乱，军阀割据的年代，百姓民不聊生，坊间谣传诡门十三针是一种神奇的针法，能够治疗各种疑难杂症，主人公赤瞳从小就是孤儿，父母就是被阴病所害，在与苏哮天结识之后，踏上了用诡门十三针治疗