遙遠的未來，人類在荒廢的大地上建設了移動要塞都市“種植園”，並謳歌著文明在那當中建造的駕駛員居住設施“米斯特汀”，通稱“鳥籠”。孩子們就住在那裡，他們被告知的使命，只有戰鬥。敵人是一切都被謎團覆蓋的巨大生命體“叫龍”。為了對抗尚未見過的敵人，孩子們乘上被稱為“FRANXX”的機器人。有一位曾被稱作神童的少年。代號016。名字是廣。但他現在卻跌落穀底。是不被人需要的存在。如果沒有乘上FRANXX，就如同不存在一樣。在這樣的廣面前，某天，一位被稱作02的神秘少女出現了。她的額頭，長著兩根豔麗的角。“——找到了哦，我的DARLING”