公元2220年，曾经为了保护地球和人类的大和号已在水瓶之海中沉睡了17年之久而经历了较长一段和平时期的地球，却正面临最大的危机一个代号为小瀑布的黑洞以极快的速度向太阳系靠近，人类赖以生存的蓝色星球行将湮灭为了寻得一线生机，人类开始实行浩大的移民计划，借助运输船的帮助，人们分批向塞拉姆星系的阿马尔移民然而在这一过程中，运输船被星际国家联盟的外星生命视作侵略者，继而遭到毁灭性的打击，古代进的妻子阿雪也在最近一次护航行动中失踪。离地球毁灭不足一个月，古代进临危受命成为第三次移民团的护航舰队总司令，全新的大和号也在这次移民中复活登场……本片根据松本零士的同名原著改编。