《EVA 新世纪福音战士新剧场版3.33：YOU CAN (NOT) REDO》在第二部《破》的尾段，明日香不幸被第三使徒精神污染及侵食，生死未卜，但在最后的预告中却出现了戴着眼罩的明日香。而这样的独眼明日香就是驾着『改二号机』，在本作最先出场。时间已是《破》完结的14年之后，明日香28岁，而美里已经40多岁了！第三新东京市已消失……|葛城美里带领着原属NERV的一些人员，脱离了NERV，成立了新的组织WILLE与NERV对抗，目标是要歼灭所有隶属NERV的EVA。铃原东治的妹妹也在美里这个组织工作。在本作出场的还有渚薰，他将与被封印在初号机里14年后，苏醒过来的真嗣一起驾驶13号EVA出动。