《龙脉传奇》的故事起源于上古时期，蚩尤和炎黄两帝那场惊天动地的大战蚩尤率领着八十一个铜头铁臂的兄弟去攻打农耕发达的炎帝部落。炎帝联合了以龙为图腾的黄帝，大败蚩尤。然而，凝聚着华夏民族智慧结晶的龙脉却在战争中被打碎了，化成无数碎片散落到了另一个时空。如果龙脉不能被重聚，华夏民族将会因为失去智慧的守护而逐渐走向消亡。龙贝贝和龙太子这对龙族姐弟，是动画片中的原创卡通人物，他们聪明勇敢，尤其是龙太子这个形象，集中了现在很多同年龄孩子共有的特点。姐弟俩接受了黄帝的委托，穿越时空隧道，走遍中国千年历史，去寻找那些身上封印了龙脉碎片的科学家，等待他们完成毕生最重要的科学成果，收回碎片，重聚龙脉。