《秋叶原@DEEP》讲述了一个患有洁癖症和女性恐惧症的设计师；一个患有口吃的天才写手；一个时不时就会进入冻结状态的电子音乐家；一个患有疏离症的少年黑客；一个蜗居十年足不出户，一出门又患上回家恐惧症的法律专家；一个角色扮演咖啡厅的人气服务员，喜欢格斗技与迷彩服的美少女这六个具有边缘性格的年轻人在秋叶原创办了一家IT公司“秋叶原@deep”，并开发出史上第一个人工智能搜索引擎“CROOK”，掀起了网络革命。就在此时，IT业龙头也向他们伸出了魔爪……