不明国籍的少女柠檬突然出现在小新面前，给他带来了偶像动感超人的讯息：“新之助君，从今天起你就是实战间谍了和我一起为正义而战吧！”喜出望外的小新开始在柠檬的指导下进行特训，两人组成了间谍搭档，飞速成长。动感超人终于下达了新的指令：“邪恶博士藏匿了我的正义胶囊，将它夺回。” 行动开始，小新潜入邪恶博士的研究所，见到了博士。谁知博士竟说出了惊人的话：“你被骗了，这不是什么正义胶囊，而是一种危险物质！”小新为何被选为间谍？正义胶囊真的是危险物质？柠檬又是何来历？正义、背叛、友情、秘密……一个傻傻的五岁幼儿园小朋友和他的一家被卷入了关系人类未来的巨大阴谋！